《子部珍本丛刊》博采诸家藏书,广搜各方佚典,集宋元明清旧椠之善本、珍本,共选子部著作三百六十六种,而以“子学”著作为多,且于重要“子学”著作,兼收数家乃至十数家注本,使承学之士,可以会通异同,自契新义。今略依其性质,析为十六类:一曰儒家类,凡一百0八种;二曰道家类,凡五十八种;三曰释家类,凡三种;四曰法家类,凡六种;五曰兵家类,凡十六种;六曰墨家类,凡五种;七曰医家类,凡三种;八曰阴阳家类,凡十一种;九曰术数类,凡二种;十曰艺术类,凡三种;十一曰纵横家类,凡十四种;十二曰名家类,凡七种;十三曰农家类,凡三种;十四曰杂家类,凡二十四种;十五曰类书类,凡二种;十六曰总类之部,凡一百零一种。
全书所用底本以善本、珍本为主,计有宋刊本十六种(包括覆宋本),元刊本一种,明刊本二百二十四种(包括明正统《道藏》覆刊本),清刊本五十种,抄本(包括清内府抄本)三十八种,其它刊本十五种。而所据影印各底本,主要是选自台湾“中央图书馆”从大陆运去的善本古籍,和北京中国第一历史档案馆所藏古籍。其次也有台湾“中央研究院”和大陆各公立图书馆以及私家所藏的珍本。如宋刻《孙子十一家注》、明颜体写刻《庄子南华真经副墨》及影宋钞《潜虚》等珍本。该丛刊较之1935年世界书局排印的《诸子集成》收书二十八种多了十余倍,可见其篇幅之巨。全书近十万页,黄皮红字,精装一百七十册。