※シリーズ全4巻刊行予定。歴史的に日本列島に居住してきた人類集団「ヤポネシア人」の起源と発展の歴史を、遺伝学・考古学・言語学などの文理融合研究によって紐解くシリーズ書。第1巻では現代のヤポネシア人を遺伝学の観点から解説。
続巻　3巻「ヤポネシアの動植物ゲノム」、4巻「ヤポネシアの考古と言語」

第�吃堯仝殿絅殴離爐�ら見た日本人の成り立ち
第1章　古代ゲノム研究―概論およびヤポネシア人と大陸の関係―　　　〔篠田謙一〕
　1.1　古代ゲノム研究概説
　1.2　日本列島集団の分析の歴史
　1.3　ヤポネシアと大陸との関係
　1.4　大陸での集団の形成と日本列島人
第2章　古代ゲノムが書き替えたサピエンス史　　　〔太田博樹〕
　2.1　古代ゲノムの“価値”
　2.2　過去30 年で書き替えられたサピエンス史
　2.3　私たちはいつから“ヒト”なのか?
　2.4　ネアンデルタール人のゲノム解析
　2.5　東ユーラシア大陸への拡散
第3章　港川人のミトコンドリアゲノム解析　　　〔五條堀　淳・水野文月〕
　3.1　琉球列島における旧石器時代の人骨
　3.2　港川人のDNA 分析
　3.3　港川1号人骨のmtDNAハプログループとその系統
　3.4　ネットワーク系統樹による解析
　3.5　多次元尺度構成法(MDS)による解析
　3.6　港川1号と後のヤポネシア集団とのつながり
　3.7　他の地域との比較から
第4章　古代人のミトコンドリアゲノム解析　　　〔安達　登〕
　4.1　ミトコンドリアDNAと系統分類
　4.2　日本列島人のミトコンドリアDNAの特徴とその変遷
第5章　古代人ゲノムから見た弥生・古墳時代の集団形成史　　　〔神澤秀明〕
　5.1　はじめに
　5.2　形態学からゲノムの時代へ
　5.3　ゲノムが語る多様な弥生時代人
　5.4　渡来系弥生人の源流
　5.5　渡来系弥生人の拡大
　5.6　混血の進む古墳時代人
　5.7　今後の課題と展望
第6章　オホーツク文化人のゲノム解析　　　〔佐藤丈寛〕
　6.1　オホーツク文化の特徴
　6.2　オホーツク文化とアイヌ文化
　6.3　礼文島浜中2遺跡とNAT002
　6.4　NAT002のゲノム配列データとその真正性
　6.5　NAT002とその他の北東アジア集団との遺伝的関係
　6.6　NAT002の遺伝的特徴の成り立ち
　6.7　3系統の混合年代の推定
　6.8　オホーツク文化人とアイヌとの関係
　6.9　骨過剰形成に対するNAT002の遺伝的脆弱性
　6.10　おわりに
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第7章　古代DNAの抽出、評価とその応用　　　〔角田恒雄〕
　7.1　古代DNAと分析方法
　7.2　古代DNA抽出のための資料選定と抽出
　7.3　古代DNAの状態評価とミトコンドリアDNAハプログループの簡易判定
　7.4　APLP法の応用― 熊本大学医学部所蔵古人骨の分析―
第8章　古代のウイルス　　　〔西村瑠佳・井ノ上逸朗〕
　8.1　古代ウイルスの探索
　8.2　日本の古代ウイルス
　8.3　まとめと展望
第9章　古代人のHLA解析　　　〔細道一善〕
　9.1　HLA遺伝子
　9.2　古代人のHLA遺伝子
第10章　日本人が受けた自然選択―現代人・古代人ゲノムの解析から―　　　〔河田雅圭〕
　10.1　日本人が受けた自然選択とは
　10.2　現代日本人ゲノムを用いた自然選択の検出
　10.3　古代人ゲノムを含めた自然選択の解析
　10.4　自然選択は日本人の性質をどう変化させたのか
　10.5　おわりに
第11章　古代タンパク質の分析　　　〔西内　巧〕
　11.1　タンパク質とは
　11.2　プロテオーム解析の進歩とパレオプロテオミクス
　11.3　動物骨のコラーゲンタンパク質のトリプシン消化断片の解析(ZooMS)
　11.4　考古試料におけるメタプロテオミクス
　11.5　おわりに
索　引